Южно-Сибирский ботанический сад был организован, как центр изучения и сохранения флоры Алтая и подготовки специалистов-ботаников.
В задачи ботанического сада входит:
— изучение биологии, распространение и разработка мер по охране редких и исчезающих видов растений;
— интродукция редких, хозяйственно-ценных и декоративных видов растений;
— внедрение методов биотехнологии в изучении и размножении редких и исчезающих видов, выведение новых сортов декоративных и хозяйственно-ценных видов растений;
— реинтродукция редких и исчезающих видов флоры Алтая;
— исследование флоры и растительного покрова Алтайской горной страны;
— подготовка и издание многотомной сводки «Флора Алтая»;
— пополнение гербарного фонда ЮСБС;
— монографическое изучение отдельных групп растений;
— пополнение банка семян и коллекции живых растений ЮСБС;
— проведение лабораторных занятий, летних практик, специальных курсов;
— предоставление материала для выполнения курсовых и дипломных работ;
— подготовка квалифицированных специалистов-ботаников разного профиля.