Южно-Сибирский ботанический сад (ЮСБС), был открыт приказом министра высшего, общего и среднего специального образования РСФСР в декабре 1979 года, как самостоятельное структурное подразделение Алтайского государственного университета (АлтГУ). Идея создания принадлежит старшему научному сотруднику института садоводства Сибири – Ирине Викторовне Верещагиной. Долгое время она являлась куратором ботанического сада, вложила много труда и сил в создание коллекций открытого грунта. В то же время Ирина Викторовна разработала план систематикума. Кроме Ирины Викторовны, у истоков создания ботанического сада также стояли: А.М. Малолетко, Л.В. Крывшенко, Т.А. Терехина.
С января 1988 г. и по настоящее время директором ботанического сада является Шмаков Александр Иванович. В 1990 году Александром Ивановичем была успешно защищена кандидатская диссертация «Папоротники Алтая, Тянь-Шаня и Семиречья», а в 2000 г. – докторская диссертация на тему «Папоротники России».
Первыми директорами, которые начали писать историю ботанического сада были:
1. Шкуров Владимир Павлович – директор ботанического сада с 17 марта 1980 г. по 14 апреля 1981 г.
2. Филатов Василий Пантелеевич – исполнял обязанности директора с 8 апреля 1981 г., а директор с 13 мая 1982 г. по 6 декабря 1986 г.
3. Кирюшов Виталий Дмитриевич – директор ботанического сада с 6 декабря 1984 г. по 16 апреля 1986 г.
4. Боровицкая (Хабарова) Светлана Николаевна – директор с 6 декабря 1986 г. по 1988 г.