Полногеномный секвенатор нового поколения MinIon компании OxfordNanopore способен расшифровать последовательность ДНК и РНК практически у любого организма. Южно-Сибирский ботанический сад АлтГУ приобрел данное оборудование летом 2018 года и приступил к исследовательской работе на нем с начала осени.
Младший научный сотрудник Южно-Сибирского ботанического сада АлтГУ Михаил Викторович Скапцов сейчас непосредственно работает на секвенаторе, в рамках сразу нескольких проектов.
Так, например, в настоящее время он проводит полногеномное секвенирование костей древних домашних животных, найденных археологами АлтГУ в рамках проекта под руководством профессора Алексея Алексеевича Тишкина, в результате которого будет установлена история становления домашних пород животных.
Другой проект, поддержанный Российским фондом фундаментальных исследований совместно с Государственным фондом естественных наук Китая, исследует эволюцию двух групп древнейших растений семейства плаунковых с последующим прогнозированием процессов эволюции в похожих группах растений.
«В рамках проекта «Таксономия комплекса Selaginella sanguinolenta и S. helvetica», руководителем которого выступил директор Южно-Сибирского ботанического сада, профессор Александр Иванович Шмаков, мы исследуем микроэволюционные процессы растений и их влияние на геном, то есть мы планируем выяснить, что происходит с геномом при девергенции видов, расхождении признаков при параллельной эволюции, – поясняет Михаил Скапцов. – С помощью секвенатора мы оцениваем влияние микроэволюционных процессов на геном растения. Данный прибор позволяет анализировать полностью геном растения, а на основе полученных данных оценить, что с ним могло произойти за сотни и тысячи лет в случаях полиплоидии, наследственных изменений, гибридизации. Соответственно, мы можем оценить сходство данных растений на уровне их геномов, какие гены включились или выключились, почему впоследствии произошло то или иное морфологическое изменение».